Etwa 26km nördlich von Luxor auf dem Westufer des Nils berinfet sich eine der größten prädynastischen Stätten in Ägypten. 1895 gruben Flinders Petrie und James Quibell etwa 7km nördlich von der heutigen Ortschaft Naqada die prädynastischen Friedhöfe von Tuch und el-Ballas aus. Fälschlicherweise hielt Petrie zunächst den Inhalt von über 2000 Gräbern für in die 1. Zwischenzeit gehörende Überreste von Ausländern. Infolge der Identifizierung prädynastischer Funde durch Jacques de Morgan in Abydos erkannte Petrie jedoch schließlich, daß das von ihm in Naqada und Hu-Semaina ausgegrabene Material vorgeschichtlich war.

Es bildet heute die Basis für die chronologischen Abschnitte Negade I und II, um 4000 bis 3100 v. Chr. Im Gebiet von Naqada befinden sich auch die Reste einer prädynastisch befestigten Stadt, der sog. S-Stadt – die spätestens 3600 v. Chr. gegründet wurde. Der altägyptische Name für Naqada war Nebut, was soviel wie „Goldstadt“ bedeutet und vermuten läßt, daß sich die Lage der Stadt gegenüber von Koptos und dem Wadi Hammamat für ihre Bewohner als günstig erwies, da hier wertvolle Materialien gefördert werden konnten. Die Blütezeit der S-Stadt dauerte bis zum Beginn der frühdynastischen Zeit. Dann verlor sie offenbar gegenüber den politisch bedeutenderen und immer mächtiger werdenden Städten Hierakonpolis und Abydos an Bedeutung. Eine Stadt und ein Tempel aus der dynastischen Zeit befinden sich ebenfalls auf dem Gebiet von Naqada.

1897 entdeckte Jacques de Morgan dort auch eine frühdynastische Lehmziegel-Mastaba mit Nischengliederung, die große Ähnlichkeit mit den Mastabas in Saqqara und Abydos aufweist. Sie enthielt Fragmente von Steingefäßen und Elfenbeintäfelchen sowie Tonsiegel mit den Namen des Aha und einer Frau namens Neithhotep, der das Grab möglicherweise gehörte. In der Nähe des Dorfes Tuch befindet sich ein weiteres Monument – eine kleine, aus Stein errichtete Stufenpyramide. Sie ist eine von mindestens sieben kleinen Stufenpyramiden unbekannten Zwecks, die vielleicht in der 3. Dynastie unter Pharao Huni an verschiedenen Orten zwischen Seila und Assuan gebaut wurden.